对于高校科研经费的使用，全国政协委员张杰庭谈到，"我跟国内一所著名大学有合作，这所大学的人跟我讲，他们买一个六千万的设备，放了五年都没动，没拆过包。这是一种严重的浪费。说白了，这些实验室应该开放，就你这几个人用，别人不能用，这也是一种资源浪费。哪怕你让他有偿使用，没有必要重复购置。所以我觉得中国最主要的还是缺少顶层设计，头疼医头脚疼医脚。"（新文化报3月9日）
我赞成张委员所说的科研经费管理是头疼医头脚疼医脚，比如针对科研经费可能被浪费，科研项目设立方要求科研人员严格按照批准项目的预算使用经费，设备费多少、材料费多少、测试费多少、差旅费多少等等，还要求年度科研经费必须在年终用完，用不完的部分将上缴，而且来年要减少经费，以示对没有按预算用完钱的"惩罚"。
这种管理方式，从表面上看很不错，有明确的预算，严格执行预算，不至于科研人员乱花钱，可在实践中，却造成更严重的浪费和乱花钱，比如，本来项目用不着购买设备，可是预算中列了这一项（我国很多项目申请时都明确要求要有设备费，课题设立方的一个逻辑是，就是做不出科研成果，好歹也买了一批设备），必须购买，购买之后派不上用场，且使用设备要管理费、维护费，这笔费用没有出处，所以也就不使，多年前的一项调查显示，高校设备零使用者达60%以上，这是一边缺钱一边乱花钱、浪费的典型。有媒体针对这种浪费说要进行问责，可如何问?有预算，按预算执行，这是谁的责任?
另外，如果科研人员没有用完预算经费，而完成同样的研究任务，这应该是节约，可规定要求必须用完，不用完就要被收走，且影响来年的费用，这不是鼓励想办法突击花钱吗？
科研项目设立方，也有说不出的"苦衷"：如果把经费使用自主权给科研人员，怎么管理？其实，这根本就不是问题，管理的办法很简单，就是要求所有科研经费开支全部公开透明，在国外，科研项目给研究人员比较大的自主空间，科研经费大多用于人员开支，比如聘请访问学者、支付研究生费用，可却没有出现严重的科研腐败，原因就在于所有科研经费开支完全透明，每一项开支的细目都可查。
这个道理科研设立方并非不懂，之所以不实行，是因为公开、透明也牵涉到自己的利益，近年来，在科研项目设立中，有科研人员向科研设立方（主要是政府机构人员）行贿的潜规则，按一定比例向设立方返还经费——广东省最近曝出的科技腐败案，就是这种操作，涉及费用几千万——如此一来，设立方会要求科研经费公开吗？公开之后如何浑水摸鱼？
另外，我国大学和科研机构对科研人员实行的"工资+奖励+津贴"薪酬制度，更是明确把科研经费作为教授们待遇的来源，所以，虽然近年来不断传出要求取消科研提成的呼声，可是科研提成总是取消不了，一方面，有大笔科研提成的都是学术骨干，他们拥有更大的学术话语权，已经通过科研项目成为学术富翁，拒绝取消；另一方面，学校也不愿意推行年薪制，失去实施行政指令的"经济手段"。
就这样，科研经费的浪费、挥霍极其惊人，调查显示，我国科研经费真正用到科研中的只有四成。如何治理这一现象，不能继续采取头疼医头脚疼医脚的做法，比如由行政部门发布科研经费使用禁令等，而应该从根本改变现在的科研管理体系。
首先，不能再由行政部门主动科研经费的配置，由行政部门主导科研经费配置，制造了权力寻租的空间，同时在配置科研经费时不是实行学术标准，而是实行行政和利益标准，谁和领导关系好，谁就可能获得课题，谁手上有行政权力和学术权，谁就是课题申请的红人，大家所见的是，学者花很多时间用于学术公关，而校长、院士，获得课题极为容易，学术研究变为一场权力和利益的游戏。
其次，在高校和科研机构推行现代制度建设，建立现代大学、现代科研机构，实行学术自治。其中最为关键的是，推进行政权和学术权分离，实行学术本位的管理，如果大学、科研机构实行现代治理，所有的财务信息都必须公开，因为说到底，大学和科研机构的科研经费都是纳税人的钱，除少数军工项目涉及国家机密外，其他的项目都应该向社会公开信息。
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